過敏性腸症候群における腸内細菌叢の調整法には、現在、食事介入、抗菌薬、プロバイオティクス療法、糞便移植などがある。

1.食事介入。食事構造はヒトの腸内細菌叢の構造と機能を決定する要因である。長期的な食事も短期的な食事も、腸内の微生物生態学的組成に大きく、あるいは少なからず影響を与える。腸内細菌叢は、複雑な食物成分を多種多様な代謝産物に変換することができる。FODMAP（発酵性オリゴ糖、二糖類、単糖類、ポリオール）を含む食事は、過敏性腸症候群（IBS）患者において、ヒスタミンレベルと微生物組成およびその代謝産物分画を変化させることが研究で示されており、高FODMAP食の患者と比較して、低FODMAP食の患者では、H2産生がわずかに減少し、ヒスタミンレベルが有意に減少し、放線菌の存在量と多様性が増加し、細菌の相対的存在量と多様性が有意に減少した。相対的存在量は高FODMAP食群で有意に低かった。

2.抗菌剤過敏性腸症候群（IBS）の治療における抗菌薬の使用は、不適切な使用はさらなる副作用や新たな細菌叢障害を引き起こす可能性があるため、現在議論の的となっている。リファキシミンは現在、下痢性過敏性腸症候群（IBS）の治療薬として米国食品医薬品局（FDA）により承認されている唯一の非吸収性経口抗菌薬であり、IBSの腸内細菌叢に対する調節効果を支持する研究が大半を占めている。経口リファキシミンは、腸管内の乳酸菌やビフィズス菌などの有益な細菌数を増加させ、腸内細菌科などの日和見病原性細菌の数を減少させることができる。

3.プロバイオティクス。現在では、ビフィドバクテリウム・ロンガムやビフィドバクテリウム・ポリモルファムのように腸内細菌叢の一部となることができるプロバイオティクスもあれば、ビフィドバクテリウム・インファンティス、ラクトバチルス・カゼイ、ビフィドバクテリウム・アニマリスのように、腸内細菌叢に影響を与える役割を果たすことができるものの、腸内で生存することはできても長期間殖えることができない菌株もあることが知られている。ある研究では、過敏性腸症候群の患者にビフィドバクテリウム・インファンティスを8週間経口投与したところ、投与前と比較して糞便中のクロストリジウム・アニソプリアエ（Clostridium anisopliae）と直腸真正細菌の量が有意に増加した。

4.糞便移植。糞便細菌移植は腸内微小生態系を再構築する治療法であり、再発性クロストリジウム・ディフィシル感染症や炎症性腸疾患への応用が大きく進展している。糞便菌の抽出・分離技術はますます成熟し、欧米では過敏性腸症候群の治療への応用を試みた研究もあり、その結果、治癒率36％（20/55）、症状緩和率70〜89％が得られ、臨床応用の見通しが立った。